ＪＲ魚津駅に併設されており、ＪＲと富山地鉄の乗換駅として利用されています。宇奈月温泉駅にも、この駅と電鉄富山駅での乗換のための時刻表が掲示されているほどです。滑川駅同様、かつては跨線橋で連絡されていたのですが、今はＪＲの駅前から地下道を通ります。この駅の場合、ホーム上に出・改札口があるため、駅の裏側からも地下道を通らなければ入ることができない構造になっています。
魚津駅前と、魚津駅の裏側（海側）を結ぶ地下道の中に、この駅の入口があります。なお、どちら側から入るにせよ、通常は、この入口からしか新魚津駅に入ることはできません。
地下道を上っていくと出札口があります。なお、階段の途中（この写真を撮っているあたりで、この角度では右側）にトイレがあります。
改札口。
構内の様子。
新魚津駅のホームからＪＲ魚津駅を眺める。この駅は、かつてＪＲと地鉄ののりばを結んでいた跨線橋の跡が残っています。
所要時間の宣伝。富山まで今のＪＲの普通列車よりもかかりますが、これはかつての客車時代の名残だそうです。